Στα τέλη του 6ου ή στις αρχές 7ου αι. μ.Χ. στον κάτω όροφο του κτηρίου Ε, το οποίο έχει πλέον εγκαταλειφθεί από τους αρχικούς ενοίκους, ιδρύεται εγκατάσταση εργαστηριακού, πιθανότατα, χαρακτήρα. Για τις ανάγκες της αφαιρούνται μέχρι τον φυσικό βράχο οι επιχώσεις ορισμένων δωματίων και διαμορφώνονται υπόγειες κατασκευές: μια θολοσκεπής με ένα κεντρικό και δύο πλευρικά σκέλη, μια ημιυπόγεια με τέσσερις τετράπλευρες πλινθόκτιστες «θήκες» ανοιγμένες στο δάπεδο, μια μεγάλη κυκλική με πέντε σκαλοπάτια καθόδου και αγωγό απορροής προς στον οχετό του δρόμου και πολλά μικρά πλινθόκτιστα κυκλικά «καμίνια». Ίσως τώρα, αν όχι στην επόμενη φάση, κατασκευάζεται και η κυκλική δεξαμενή στο εσωτερικό της αίθουσας-πύργου. Με την εγκατάσταση συνδέονται επίσης δύο μεγάλες υπόγειες θολωτές δεξαμενές, από τις οποίες η μία διατηρείται σε άριστη κατάσταση. Καθώς δεν βρέθηκαν εργαστηριακά κατάλοιπα της εποχής, ο χαρακτήρας της εγκατάστασης προς το παρόν μας διαφεύγει. 

Η εργαστηριακή δραστηριότητα συνεχίζεται και τα επόμενα χρόνια. Από τα μέσα του 7ου έως τις αρχές του 8ου αι. μ.Χ. τουλάχιστον, λειτουργεί στους ίδιους χώρους εργαστήριο κεραμικής, το οποίο χρησιμοποιεί τις προϋπάρχουσες εγκαταστάσεις, αφού πρώτα τις προσαρμόζει στις ανάγκες του. Από το εργαστήριο διατηρείται τμήμα του κλιβάνου όπτησης, οι θέσεις κεραμικών τροχών για το πλάσιμο των αγγείων, οι χώροι ωρίμανσης του νωπού πηλού και πολλές οπές από πασσάλους, ίσως για τη στήριξη πάγκων πάνω στους οποίους στέγνωναν τα άψητα αγγεία.